Em 1769, foi construída uma nova capela mais sólida, de pedra e cal, substituindo a anterior, feita com paredes de taipa e coberta de palha como as ocas dos índios. Media 90 palmos de comprimento por 30 palmos de largura. Em seu adro, outrora cemitério dos índios, representou-se, em 1686, o "Auto de São Lourenço", de José de Anchieta, ensaiado pelo Padre Manuel de Couto. Foi, sem dúvida, a primeira manifestação teatral registrada no Brasil. Embora humilde e no alto de um morro, a Igreja de São Lourenço dos Índios foi elevada à categoria de matriz. A igreja foi totalmente restaurada em 2000/2001. Somente o piso de lajota de barro cozido está desgastado pelo passar dos fiéis de tantas gerações. O retábulo do altar-mor foi considerado por Lúcio Costa um padrão de arte jesuítica. Apesar das reformas sofridas, em virtude da fragilidade da construção e em função do tempo decorrido, a Igreja de São Lourenço dos Índios, hoje tombada pelo Patrimônio Histórico e Artístico Nacional, é a única relíquia no gênero, lembrando a sesmaria de Araribóia, o ventre, a matriz de onde surgiu Niterói. Em 1933, a igreja foi entregue pelo Bispado à Prefeitura e, em 1939, incorporado ao patrimônio Municipal como Monumento Histórico da Fundação de Niterói. Suas reformas maiores foram realizadas nos anos de 1840, 1869 e 1933 e 2000, todas respeitando, o quanto possível, as linhas arquitetônicas originais, entretanto, a última foi além de uma reforma, ela foi totalmente restaurada e a cidade recebeu como presente no seu aniversário de 428 anos (22 de novembro de 2001) esse belo exemplar da arquitetura jesuíta totalmente recuperado. Pairando sobre todas as controvérsias, a Igreja de São Lourenço dos Índios é a mais antiga igreja da Cidade de Niterói.